FSC森林认证的标准有两种：
(1)业绩标准(performancestandards)。
它规定了森林经营现状和经营措施满足认证要求的定性和定量目标或指标，如FSC原则和标准。在应用上，业绩标准具有一定的局限性，即不可能制定出适用于全球森林的详细标准，必须在一般的国际标准框架内制定区域或地方标准。不同区域的业绩标准存在一定的差别，但具有兼容性和平等性。
(2)进程标准(procedurestandardsorprocessstandards)又称为环境管理体系标准。
它规定了管理体系的性质，即利用文件管理系统执行环境政策。除法律规定的环境指标外，这种标准对企业业绩水平不做最低要求。申请认证的森林经营单位必须不断改善环境管理体系，承担政策义务，依照自己制定的目标和指标进行环境影响评估，并解决认定的所有环境问题。ISO14001标准就是一种环境管理体系标准。
这两种标准在概念上存在明显的差别，但在应用上又有一定的联系。首先，业绩标准体系包括许多管理体系因素，而环境管理体系的ISO14001标准也明确指出森林经营单位必须制定环境业绩要求。在许多业绩标准的制定过程中，环境管理体系对FSC森林认证体系是有帮助的。
其次，这两种标准都包括了持续提高的原则。在业绩认证体系中，可以通过定期调高业绩标准来不断提高森林经营单位的经营水平。而在管理认证体系中，它要求森林经营单位不断改善经营水平并达到各阶段目标。当前的业绩标准和进程标准之所以分开设定，它有利于评估结果的审核和统一。
